在阿富汗人們很難獲得醫療服務，即使政權淪陷帶來了不確定性，我們仍然致力在當地滿足人們的健康需求。無國界醫生於阿富汗的工作專注於應對緊急情況及支援兒科和孕產婦，因為阿富汗是世界上孕產婦死亡率最高的國家之一。
無國界醫生在阿富汗設有一系列項目，以支援數十年衝突和政治動盪造成的龐大醫療需求，尤其是婦女和兒童的醫療需求。
組織與公共衞生部合作，在赫爾曼德省（Helmand）的一間醫院開展工作。我們也在霍斯特（Khost） 省開設了一間婦產科醫院，在坎大哈（Kandahar）開設了一個耐藥結核病項目，並在昆都士（Kunduz）開設了創傷中心。而在赫拉特（Herat）我們治療營養不良的流離失所兒童。
近年來，無國界醫生醫院受到數次大型針對性攻擊： 2015年10月，美國空襲摧毀了我們位於昆都士的創傷中心，造成42人死亡；2020 年 5 月，一個武裝團組織襲擊了我們位於喀布爾（Kabul）達什特巴爾切（Dasht-e-Barchi）醫院的婦產科翼，殺死 16 名母親和一名無國界醫生助產士。襲擊發生後，我們做出了從醫院撤離的艱難決定，令該地區的婦女再無法獲得急需的緊急產科護理。
2021年8月，阿富汗伊斯蘭酋長國（即塔利班）隨著政府倒台進入喀布爾市。無國界醫生團隊繼續在當地提供醫療護理。
