無國界醫生在納戈爾諾卡拉巴赫（Nagorno-Karabakh；簡稱納卡地區）提供心理健康支授項目。 2022年，組織在亞美尼亞首都葉里溫（Yerevan）開展丙型肝炎項目。
無國界醫生在1988年首次在亞美尼亞工作，應對斯皮塔克（Spitak）地震後的醫療需求，隨後治療抗藥性結核病患者。
1990 年代末和 2000 年代初，我們在葉里溫的一個特殊教育中心為患有身體或心理殘障的兒童提供醫療和治療護理；該計畫於2004年結束。
亞美尼亞是世界上多重抗藥性結核病發病率最高的國家之一。近年，組織在亞美尼亞為多重抗藥性結核病 (MDR-TB) 患者實施新的治療方案。自2005 年以來，我們在首都葉里溫與國家結核病項目合作，然後在2015 年營運獨立的抗藥性結核病治療項目。項目包括醫學研究，使用貝達喹啉（bedaquiline）和德拉馬尼 （delamanid）治療，兩種治療結核病的最新藥物。亞美尼亞是世界上最早授權使用它們的國家之一。
我們也在納卡地區開工作，納卡地區現已由亞塞拜然統治，但在1991年至2020年期間，佔大部分人口為亞美尼亞人創建一個不被國際社會承認的獨立國家。我們在那裡的活動包括在納戈爾諾-卡拉巴赫戰爭（1992-1997）期間提供醫療設備和支援，以及結核病治療（1997-2003）。 2022 年，我們也透過培訓醫療人員和監測患者護理，支援公共健康設施。
