無國界醫生在納戈爾諾卡拉巴赫（Nagorno-Karabakh；簡稱納卡地區）提供心理健康支授項目。 2022年，組織在亞美尼亞首都葉里溫（Yerevan）開展丙型肝炎項目。
無國界醫生在1988年首次在亞美尼亞工作，應對斯皮塔克（Spitak）地震後的醫療需求，隨後治療耐藥結核病人。
1990年代末和2000年代初，我們在葉里溫的一個特殊教育中心為患有身體或心理殘障的兒童提供醫療和治療護理；該項目於2004年結束。
亞美尼亞是世界上耐多藥結核病發病率最高的國家之一。近年，組織在亞美尼亞為耐多藥結核病人實施新的治療方案。自2005年以來，我們在首都葉里溫與國家結核病項目合作，然後在2015年開展獨立的耐藥結核病治療項目。項目包括醫學研究，使用貝達喹啉（bedaquiline）和德拉馬尼 （delamanid）兩種治療結核病的最新藥物。亞美尼亞是世界上最早授權使用它們的國家之一。 2019年，組織將項目餘下的結核病應對工作移交該國衞生當局，並結束項目。
2022年，我們開始為生活在弱勢環境的人們（包括囚犯）提供丙型肝炎治療。2024年4月，組織和當地衞生部合作，在葉里溫的阿沙昆亞茲分科診所（Arshakunyats Polyclinic），以簡化的一站式服務模式，提供丙型肝炎的及時篩檢、診斷和治療。我們也於2023年在納卡地區工作。國際社會普遍認為該區屬亞塞拜疆領土，但這自稱為獨立共和國的具爭議地區，人口多為亞美尼亞人，亦主要由亞美尼亞人管治。我們為當時逃離區內攻擊的流離失所者提供心理支援。
