二零零八年，在巴基斯坦的西北邊境省（North West Frontier Province）及聯邦行政部落區（Federally Administered Tribal Areas），巴基斯坦政府與反政府的激進分子的衝突加劇。美軍進行空襲令當地的情況更不穩。今年八月，數以千計的巴基斯坦人，因安全問題而被迫在國內流徙或逃亡到鄰國阿富汗。同時，巴基斯坦軍隊亦開始驅逐阿富汗難民，指與反政府軍隊有聯繫，驅逐情況在巴焦爾特區（Bajaur Agency）為甚。
在巴焦爾特區、史瓦特（Swat）及莫赫曼德地區（Mohmand），今年有數以百計的居民因自殺式炸彈襲擊、空襲及槍戰而受傷或被殺，數以千計的居民不斷被迫離開家園。無國界醫生為數以千計的居民提供生活所需物資，包括毛毯、地墊、帳篷、衛生用品及糧食。無國界醫生調整原為當地為流離失所者而設的基本醫療項目，為不斷增加的暴力受害者治理傷勢和協助轉介病人，並為因飲用不潔食水而患上腹瀉的居民提供治療。
當地的診所因擔心受襲而關閉，無國界醫生遂與當地的醫療機構合作開設流動診所，並提供易於識別的救護車服務，將病人安全送到醫院。軍方經常實施宵禁，無國界醫生的救護車是唯一獲准在宵禁期間行駛的車輛，於五個月內接載了七百名病人，主要為臨盆孕婦及暴力受害者。
於十月，暴力衝突令數以十萬計的居民，在短短數天全部逃到鄰近地區。大量居民為了逃避空襲及炸彈襲擊，逃到隱蔽的房屋、清真寺、學校及臨時營地。由於營地內爆發腹瀉，無國界醫生向居民提供清潔的食水及衛生設備，而當地醫療機構則提供基本醫療服務。
在古勒姆特區（Kurram Agency），因派別間的暴力衝突，以及受到外來武裝組織襲擊而令局勢不穩，救援工作亦愈趨困難。無國界醫生主要為當地居民提供母嬰健康服務，包括緊急婦產科手術及初生嬰兒健康服務。由於局勢不安全，只有病情嚴重的病人才會冒險出外求醫。
無國界醫生員工的安全問題亦日益嚴重。人道救援組織員工在當地受到到襲擊的情況令人關注。無國界醫生的救護車曾遭到襲擊，隊伍亦不時要躲避襲擊。
在俾路支省（Balochistan），無國界醫生在奎達（Quetta）附近，為阿富汗難民提供母嬰健康服務。在邊境城鎮杰曼（Chaman），醫療機構為當地居民提供服務時遇到困難，無國界醫生亦提供協助，包括為當地居民及來自阿富汗的病人提供生育健康服務，包括緊急婦產科手術、初生嬰兒及營養健康服務。
俾路支省的東部擁有豐富的天然氣資源，但缺乏醫療設備，當地的衝突亦已經持續了三十年。無國界醫生在加法拉巴德（Jafarabad）東部及馬希拉巴德（Nasirabad）開展兒童營養治療緊急項目，在三個月裡治療了超過一千名營養不良的兒童。除了武裝衝突，俾路支省西北部的山區於十月二十九日發生六點四級地震。大部分由泥土搭建的房屋都受到破壞，當地居民因家園被毀或擔心餘震而被迫於寒冷天氣下露宿。官方公布約有三百人死亡，三萬五千人受傷及四萬人無家可歸。無國界醫生除了為災民提供緊急醫療服務及救援物資，亦為受影響的社群提供精神健康治療。
