剛果民主共和國的總統選舉由2018年12月22日延遲至12月30日舉行，消息令當地局勢緊張，特別是在北基伍省東部的貝尼（Beni）和布藤博（Butembo）。選舉委員會（CENI） 12月26日公布，受到伊波拉疫情持續和相關風險影響，貝尼和布藤博等三個地方的投票進一步押後。該決定引發暴力抗議，特別是在貝尼。無國界醫生位於貝尼的中轉中心於12月27日遭到局部破壞，無國界醫生團隊一度要撤離數小時。
局勢動盪不安，令監測疾病、識別新症、追蹤接觸者、接種疫苗等工作延誤，感染防控措施亦受影響，例如安全及有尊嚴地埋葬屍體、消毒健康中心和居所。這可能會加快疾病傳播，拖慢疫情受控的時間。不過，暴力事件對人們能否獲得醫療護理的影響，遠比對伊波拉治療的影響大。抗議期間，多所健康中心被攻擊或遭到破壞，人們難以獲得醫療護理，嚴重影響人們整體健康水平及疫情監測。這正是中轉中心如此重要的原因，而無國界醫生在貝尼管理的中心正是一例。中心將沒有特定病徵的病人分流，以及因應病人的需要轉介至適當的健康中心，以減輕當地醫療設施的負荷。
截至1月7日，剛果民主共和國確診577宗伊波拉感染個案，當中329人死亡。
無國界醫生的應對
在北基伍省，無國界醫生於貝尼（以中轉中心形式）、布藤博（設有伊波拉治療中心）及加多亞（Katwa，位處布藤博東部，無國界醫生最近於當地開設第二所伊波拉治療中心）應對伊波拉疫情。無國界醫生也推行外展及提高社區意識的活動，並支援健康中心的感染防控工作。
貝尼中轉中心
12月27日，由無國界醫生管理的貝尼中轉中心成為襲擊目標。示威者投擲石塊，並闖入中心掠去小型設備，無國界醫生團隊需暫時撤離。其後一支醫療隊迅速返回中轉中心照顧病人。示威期間共有28名病人在中轉中心，事發時有9人即時離開，另有18人被轉介至貝尼的綜合醫院，餘下1人出院。由於中轉中心已沒有病人，醫療團隊在救援項目的基地候命，等待局勢平靜下來。12月31日，團隊恢復工作，人手較之前減少。
截至2019年1月7日，貝尼中轉中心的病人數字：
- 9宗新症
- 17名病人出院（全部對伊波拉病毒呈陰性反應）
- 中轉中心內共有33名病人
布藤博伊波拉治療中心
伊波拉治療中心如常運作，但團隊人數減少。因應選舉和即將公布的選舉結果引發緊張局勢，無國界醫生12月27日決定暫時撤離所有非必要的工作人員。
截至2019年1月7日，布藤博伊波拉治療中心的病人數字：
- 13 宗新症
- 22名病人已出院（1人已痊癒，2人死亡，19人對伊波拉病毒呈陰性反應）
- 伊波拉治療中心共有44名病人
加多亞伊波拉治療中心（建設中）
位於布藤博東部加多亞的伊波拉治療中心於2019年1月3日啟用，設有16張病床。1月4日，中心接收了首3名病人。該中心採取模塊裝置設計，可以一邊施工，一邊進行救援；預期稍後加設多16張病床。
截至2019年1月7日，加多亞伊波拉治療中心的病人數字：
- 3宗新症
- 6名病人出院（全部對伊波拉病毒呈陰性反應）
- 伊波拉治療中心共有8名病人
外展、提高社區意識、感染防控
無國界醫生在貝尼、布藤博及附近的社區和健康中心推行上述活動。由於現時局勢不穩，除了間歇為健康中心消毒外，其他活動已暫停。一旦情況允許，無國界醫生的團隊隨時準備恢復上述大部分活動。
