被驅逐離開蘇丹達爾富爾兩個月後

無國界醫生荷蘭分部和法國分部在二零零九年三月被逐離蘇丹北部之後，無國界醫生繼續在達爾富爾的五個地區提供援助。

在達爾富爾北部，無國界醫生的救援隊伍正在尚吉多巴亞（Shangil Tobaya）和卡古盧（Kaguro）工作。在距離埃爾法舍爾（El Fasher）六十五公里的尚吉多巴亞，無國界醫生提供基本和二級醫療護理，包括生殖健康護理、營養治療，和療理衝突中的受害者。卡古盧位於杰貝斯（Jebel Si），是叛軍的地區，無國界醫生在那裡周圍設有一個診所和五個醫療站。無國界醫生在診所提供住院和門診服務、產前護理、營養支援和防疫工作。醫療站則提供門診和產前護理。

在達爾富爾西部的色尼亞（Seleia），無國界醫生開設了數間醫療中心和流動醫療站，為該區數千人提供醫療服務。在杰貝勒邁拉（Jebel Marra）的古盧（Golo），無國界醫生於城鎮醫院工作，為住院和門診病人提供基本和二級醫療護理、婦產服務和營養治療。在基利附近，無國界醫生在城鎮醫療中心提供基本醫療，包括一間小型急症室，以及一個門診的營養治療計劃，該處屬於叛軍控制的地區。

由於被蘇丹政府驅逐，無國界醫生已沒有在達爾富爾南部進行任何工作。二零零九年三月，凱卜卡比耶（Kebkabyia）發生了數次安全不穩事件，在塞里奧華（Serif Umra）則有五名無國界醫生員工被擄，令無國界醫生被迫在四月初關閉位於達爾富爾北部這兩個地點的項目。因為一次嚴重的安全不穏事件，達爾富爾北部泰維勒萊（Tawila）的工作亦自去年十二月被暫停。

在蘇丹北部的其他地方，無國界醫生在紅海省的蘇丹港進行了一個生殖健康護理項目，此項目特別將重點放在曾進行割禮的懷孕婦女。在紅海省，估計有百分之九十七點六的婦女曾進行割禮，導致很多婦女日後產生嚴重的後遺症。在分娩期間，婦女要割開陰部或解開縫上陰部的線，才能生產。誕下嬰兒後，通常會重新將婦女的陰部縫上。不過，無國界醫生在蘇丹港的達古頓醫院工作，則對割禮採取「零容忍」的手法，亦不會在孕婦分娩後替她們重新縫上陰部。無國界醫生在蘇丹港工作的其中一個重點，就是透過在社區培訓家訪人員，以及在達古頓醫院進行輔導和教育，來進行基本健康教育和提升公眾對割禮有可能造成的後遺症的認知。