過去數十年，無國界醫生在區內——香港、菲律賓、印尼、馬來西亞、柬埔寨、緬甸、泰國——開展不同項目。部分項目，如中國內地的，已於2014年移交。這些項目因應人們這些年來的醫療或人道需求而訂定，當中有為應對嚴重天災的災後情況，有針對如丙型肝炎、愛滋病和結核病等疫症，也有關注生殖健康護理及其他公共衛生問題的項目。
組織自1988年起在香港工作，時值越南船民潮。隨後10年，我們與聯合國難民署、香港政府和多個志願組織合作，在深水埗、屯門和望後石的難民營，以及白石、糧船灣、芝麻灣等船民營提供醫療援助。
組織在營內開設門診服務，提供醫療轉介、產前檢查、免疫接種，並開展心理支援項目，進行預防愛滋病及其他性病的健康教育，以及推行減少吸毒者共用針筒的計劃等。
我們反對香港政府強迫遣返船民的政策，要求現場監察遣返行動。自1994年起，組織以獨立監察員的身分，報告遣返行動中任何違反人權的情況。我們繼續在營內工作，直至1998年初大部分越南難民和船民被妥善安置或遣返。
2003年，香港爆發嚴重急性呼吸系統綜合症（SARS）。組織於疫症高峰期，開設資訊教育項目，動員超過100名醫護學生及本地醫生，在公共屋邨和少數族裔社群發放預防SARS的訊息。
為應對2019冠狀病毒病（COVID-19）疫情，無國界醫生緊急醫療隊自2020年1月底起，開始在香港應對2019冠狀病毒病，至今已為弱勢社群進行39場健康教育對談和管理壓力與焦慮工作坊。我們主要針對難以獲得重要醫療諮詢的人群，包括清潔工、外籍傭工、視障人士、無家者、難民及尋求庇護者等，以及長者等一旦受感染較易出現嚴重病況的人。除了分享最新的實證醫學資訊，我們也會聆聽和回答他們對這個疫症的疑問。
我們亦設立了心理健康網站，為大眾提供小錦囊和相關資訊，以應對因長期處於不確定情況而產生的壓力和憂慮。
2020年6月，本港面對第3波疫情之際，部分公共設施關閉、本地服務暫停，弱勢社群首當其衝。我們的緊急隊伍，與支援無家者並在疫情期間維持服務的本地非牟利組織「ImpactHK」合作，三個月以來為脆弱人群提供了51次醫療諮詢，並為35人安排臨時住宿。另外，團隊章周二、四晚到尖沙咀探訪無家者。除了派發食物、飲用水和衞生用品，包括口罩和搓手液等，我們的社工也會跟進個案，提供所需的支援。自6月開始，我們已為無家者提供了28次醫療諮詢和為17名無家者安排臨時住宿。
2020年9月，支援無家者的項目移交至「ImpactHK」。團隊將活動重點移向精神健康意識和心理支援，目前為外籍家庭傭工的社群領袖展開社區關懷培訓計劃，旨在協助他們為同儕提供更有力的支援，並了解自身的限制。計劃課程包括精神健康概念、聆聽技巧和心理急救。
緊急救援
無國界醫生自1988年開始在中國內地工作。初期主要是為天災的災民提供緊急援助，其後10年間為全國逾20次大大小小的水災、地震、雪災及受颱風影響的災民提供援助，受惠災民數以千萬計。
2008年汶川大地震，無國界醫生為災民提供了帳篷、救援物資、醫療護理和心理支援。其後多年間，無國界醫生亦多次派出救援隊協助在廣西、四川、貴州和雲南偏遠地區受洪水、泥石流影響的人群應對災情。
為應對2019冠狀病毒病（COVID-19），無國界醫生於2020年初送出3.5噸的物資，捐贈予中國內地的湖北省武漢市金銀潭醫院，該巿是當時2019冠狀病毒病疫情爆發的中心。此外，我們亦為當地組織提供遠程培訓，以協助他們培訓更多健康推廣員，為脆弱社群作健康教育。
為脆弱人群提供醫療護理
至90年代中期，國內防災抗災能力不斷提升，救援物資的質量與供應也大大改善，組織遂將援助重點轉移至個別的危困社群。1991年至2002年間，我們在西藏自治區防治大骨節病及進行病因研究，以物理治療减輕患者痛苦；又在廣西壯族自治區、青海省和雲南省培訓鄉村醫生、修建醫院、支援當地衛生機構及為偏遠地區居民提供基本醫療護理；並從1997年到2006年，在陝西省寶雞市為流浪兒童提供醫療保健和社會支援。
治療傳染病
組織自90年代後期開始在中國對抗傳染病。1999年，在雲南省和四川省開展預防愛滋病和結核病的宣傳教育項目；2003年，協助河北省遏止嚴重急性呼吸道綜合症（SARS）散播，又與中國衛生部門合作，在湖北省襄樊市和廣西壯族自治區南寧市開辦免費的愛滋病綜合護理及治療項目。湖北和廣西的項目分別於2008年和2010年順利移交予中國當地衛生部門。
水利衛生援助
於1995年至2002年間，組織在中國進行了多個飲用水及衛生項目。隊伍在廣西壯族自治區、雲南省和新疆維吾爾族自治區開鑿水井、安裝水泵和提供衛生教育，為數以萬計的居民供應清潔飲用水及增強他們的衛生意識。
組織於2004年開始在馬來西亞工作，旨在讓身處吉隆坡及周邊的難民和尋求庇護者社群，更易獲得醫療和精神健康服務。他們很多時候沒有正式身分，所以難以獲得醫療護理。
2006年，組織開設3間流動診所，並與當地伙伴緊密合作，進行8,159次醫療諮詢。診所提供基層醫療護理、精神健康諮詢和轉介服務。我們亦為非政府組織、社區團體，以及難民和尋求庇護者社群的義工，舉辦社區健康教育、心理社交和精神健康培訓。
我們透過培訓和直接支援診所服務，提升了當地伙伴的援助能力。及後於2007年4月，我們把項目移交予這些伙伴，繼續醫療和精神健康工作。
2015年，組織開始以流動診所為檳城中被邊緣化的人，提供基層醫療護理。2018年10月，組織開設了固定診所，進一步讓移民社群更易獲得醫療護理。我們更進入由婦女、家庭及社會發展部設立來保護販賣人口倖存者的其中5間庇護所，提供醫療和精神健康護理。這些庇護所於2019年關閉。
2019冠狀病毒病疫情大流行其間，我們加強了對該國衛生部和地區政府的支援，協助他們進行接觸者追蹤和檢測。在檳城，我們進行各種語言，包括羅興亞語和緬甸語的2019冠狀病毒病的健康教育，也為轉介到醫院的病人提供翻譯支援。團隊透過名為 R-Vision 的羅興亞網上新聞網絡開展了2019冠狀病毒病的健康推廣活動。我們更向馬來西亞政府倡議停止針對移民和難民的搜捕，以減低拘留中心的2019冠狀病毒病傳播風險。
組織於1995年在印尼蘇門答臘中部的占碑（Jambi）省發生強烈地震後，開始在該國展開醫療項目，自此在國內其他省份提供醫療服務。該項目於2009年結束。
2015年，我們聯同衛生部旗下的危機中心和阿齊省政府應對羅興亞難民危機，為他們提供精神健康支援和舉辦心理社交活動。2016年至2017年2月，我們動員救援隊為受阿齊地震影響的人群提供醫療援助。組織亦向醫護人員和健康院的專門小組提供心理社交教育和心理急培救訓。
組織和國家衛生部旗下的家庭健康署簽署的諒解備忘錄中表明，我們目前的重點工作是青少年生殖健康。
2017至2018年，組織和雅加達省衛生部為千島群島上的小學師生，提供生殖健康培訓。而自2017年起，我們在雅加達、日惹（Yogyakarta）和泗水（Surabaya）三個城市舉辦甲醇中毒的培訓。2018年，我們在萬丹（Banten）省的拉布安（Labuan）及卡里塔（Carita）地區開展一個青少年健康項目。
同樣於2018年，蘇拉威西（Sulawesi）中部遭受地震、海嘯和土壤液化三重天災，巽他海峡（Sunda Strait）的海嘯亦波及萬丹省和楠榜（Lampung）省。我們動員救援隊，為受影響的人群提供緊急醫療援助。因為在萬丹省開設了青少年生殖健康項目，我們的救助亦覆蓋到板底蘭（Pandeglang）地區。
隨著該國的2019冠狀病毒病感染個案數字上升，我們的團隊為社區衛生人員舉辦有關應對疫情的工作坊、培訓和健康教育對談，同時協助萬丹和雅加達兩省的各大社區。截至2020年10月，我們在萬丹的團隊已舉辦兩場感染防控和接觸者追蹤的培訓課，以及共10,400場健康教育對談，有6萬8千人出席。我們更為醫護人員和專門小組添加了心理社交的訓練。
組織自1984年開始應對菲律賓的危機。我們在國內11個不同地區，包括當時的棉蘭老穆斯林自治區（現屬棉蘭老穆斯林邦薩摩洛自治區）。
組織最初主力應對受颱風、水浸、火山爆發和大旱等天災影響的災民和流離失所者的需要，其後於1989年擴大應對範疇至結核病，到1995年更將性傳播感染和愛滋病的預防工作納入其中。此外，我們在10多年來為城市街童提供全面醫療服務。
我們於1997至2009年間，多次為受棉蘭老武裝衝突影響的家庭提供人道援助和醫療護理，並於2011和2012年向服洪水和多個強颱風影響的災民給予人道支援。
2013年是菲律賓近年來最嚴重的天災年，組織當年在多個被颱風海燕破壞的地區，展開大型人道危機應對項目，活動包裝創傷治療、恢復醫療服務和設施、提供棲息處、重建工具套裝、水利衛生設施，以及為成人和兒童提供心理社交支援。同年，我們也就三寶顏（Zamboanga）的危機捐贈醫療物資。
2016年，我們開始支援當地婦女健康組織 Likhaan Centre or Women’s Health，並和衛生署合作，在湯都（Tondo）貧民窟提供生殖健康服務，包括子宮頸癌的預防、篩查和治療。人類乳頭瘤病毒是子宮頸癌的致病源，而我們於2017年開展人類乳頭瘤病毒疫苗接種計劃，為馬尼拉市三個地區內2萬4千名介乎9至13歲的女童，完成疫苗接種。
就2017年馬拉維被圍困後的逃離情況，我們一直有應對工作。組織在當地的團隊，為超過11,500名因馬拉維被圍困而流離失所的人提供心理急救，而目前則為這些國內流離失所者和返回當地的人，提供基層醫療護理和精神健康服務的支援。
2020年，我們的團隊為在馬尼拉社區層面進行2019冠狀病毒病接觸者追蹤和預防工作的衛生人員提供支援。他們在三間為2019冠狀病毒病病人提供護理的醫療設施，協助搭建分流帳篷、完善感染防控措施，以及為衛生人員提供個人保護裝備。自7月初，我們的團隊已將包括衛生用品的檢疫隔離套裝，派發予超過1,300名2019冠狀病毒病病人及其密切接觸者。
同年6月，我們開始向馬尼拉聖拉扎羅醫院的2019冠狀病毒病病房和院內化驗室，提供人力、個人保護裝備、生物醫學設備及藥劑服務的支援，以為個案數字上升作準備。我們的醫療隊亦在7月開始在2019冠狀病毒病病房為病人提供護理。隨該病房的留院數字有所下降，我們於10月結束與聖拉扎羅醫院的合作。團隊在馬拉維密切留意2019冠狀病毒病監測和接觸者追蹤，並在一間檢疫隔離設施裡，支援健康推廣。
